Bereits Ende der 50er Jahre wurde durch die Erstellung eines Gesamtkanalisationskonzeptes ein wichtiger Schritt getan, die ordnungsgemäße Abwasserbeseitigung innerhalb des Gemeindegebietes zu regeln. Mit dem Bau der Kanalisation und den ersten Hauptsammlern wurde im Jahr 1962 begonnen. Im Jahr 1972 konnte dann eine nach dem damaligen Stand der Technik moderne mechanisch-biologische Kläranlage mit hervorragender Reinigungsleistung in Betrieb genommen werden. Mittlerweile sind mehr als 96 % der Einwohner des Marktes Peißenberg an die zentrale Kläranlage angeschlossen.

In den Jahren 2005 – 2007 wurde die Kläranlage mit einem Investitionsvolumen von 8 Mio. € ertüchtigt und mit modernen Klärverfahren ausgestattet, die der Ammer und dem Ammersee sowie den dortigen Fischbeständen und einem „gesunden“ Grundwasserhaushalt zugutekommen.